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 --------------------K--IE----EGKLV-IWIN-G----------D--------KG---Y------------------NGLA-EVGK----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------KFE-K------------------------D---------T-GIK-VTV-E-H-P--D---------------K-LE-EKFPQVA--A-TGD--GPDIIF--W-A---HD-----RFGG-----Y-AQSG----LLA---EIT--PD------KAF--Q---DKL---YPFTW--D-AVRYN-G-KL-I--A---YP-IA-----------VE-ALSLIY--NKD-L-----L---P--------N--P---P--K-T---W----------------------------------------------------------EEI--------PA-------------LDK--------------ELK-------AK-G-------K--SA-L--MF-N-LQ-----------EP--YF----T-W----PL--I-A-A--DG---G-Y---------------A------F-KYENGKYDI-KDVG--V--DN---AGAKAG-----L-------T--------------FLV---------D-L----I-KN-KHM---N--ADT-------D--Y--------------------------S---IAE--AAFNK---G-E-----T-A--MTINGP--W---------AW----SNID----------------T--SK----------V---N---YG--------------------------------------VTVLP-T--FK-GQ-P-------------S---------------------------------------KP---FV-GV--L-SAGIN---A-A--S---P-N-K---E--LAK---EFLE-NYLL---T---D-E--G-LE-A-----------------------V--NK---------------D-----K-----------------------------------PLGAVAL--KS-------------------------------------------------Y-----EEE-------LAK-D----P---RIAA-TM-----ENA-Q--KG-EI--------------------MPN-IP--Q---MSAF--WY---AVRT-AVINAA--SGRQ-TVD-E-ALKDAQ--TRITK----------------------
 -----------------------------ITLKV-AIYP-Y----------V--------P--D-P------------------ARFQ-AAVL----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------DQ-------------------------W-QR--QE----P-GVK-LEF-T-DW---------------------DSYSADP-P------DD---LDVFV--L-D---SI-----FLSH-----F-VDAG----YLL---PFG--SQ--DI---DQ--A---EDV---LPFAL--QGAKR-N-G-EV-Y--G---LP-QI-----------LC-TNLLFY---RK-----------G------DLKI-GQ--V--D-N---I----------------------------------------------------------YEL--YK-KI-G-----------T----SH-----------------SEQIPP-----------PQNKGLL--IN-M-AG---GT------TKASM-----YLE----A---LID---------V-TGQYTE-----------------YD--------LL--P---PLDP--L---NDKV-----I-------R--------------GLR---------LLI----NM----AG---EKPSQY--VPEDG----------------------------------DAY--VRASWFA-Q-G-----S-GRAF-IGYS--E---------SM----M-RM----------------G---D----------YAE-Q---VR--------------------------------------FKPISS---S--AG-Q-------------D--------------------------------I-------P---LF-YS--D-VVSVN---S-K--T---A---HPE-L---AK---KLAN--VMA---S---A-D--T-VE-Q-----------------------A--LR-P----Q--ADGQY-P-----Q-----------------------------------YLL-PAR--HQ-------------------------------------------------V-----YEALMQDYPIY-S------E---LAQ---I-------VNKPSN---R--------------V-----FRL-GP--E---VRTW---LKD---AKQVLPEAL---G--------------------------------------------
Download the alignment in fasta format
Columns in green are common core regions (i.e., columns with no gaps and the maximum pairwise residue distance < 4Å).

Metrics of the alignment

Lcore ccRMSD ccTM-score Lali RMSD TM-score
3 0.32 0.011 131 2.54 0.428

Visualization of the alignment




    Total 18 input structures:      d1a8e__.ent d1a99a_.ent d1al3__.ent d1amf__.ent d1atg__.ent d1dpe__.ent d1eu8a_.ent d1i6aa_.ent d1ixh__.ent d1j1na_.ent d1jeta_.ent d1lst__.ent d1mqda_.ent d1pot__.ent d1sbp__.ent d1wdna_.ent d3mbp__.ent d3thia_.ent

    Click on the corresponding buttons to show different regions (the default show is for the common core region).

    

    






    Download the superimposed structure file


Reference

  • R. Dong, S. Pan, Z. Peng, Y. Zhang and J. Yang, mTM-align: a server for fast protein structure database searching and multiple protein structure alignment, submitted, 2017.
  • R. Dong, Z. Peng, Y. Zhang and J. Yang, mTM-align: an algorithm for fast and accurate multiple protein structure alignment, Bioinformatics, 2017 (in press).