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data_1yl9_1 # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_atom_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N . DPN A 1 1 ? 3.925 -3.104 0.849 1.00 0.40 ? 2 DPN A N 1 HETATM 2 C CA . DPN A 1 1 ? 3.562 -1.987 1.714 1.00 0.29 ? 2 DPN A CA 1 HETATM 3 C C . DPN A 1 1 ? 2.162 -1.503 1.379 1.00 0.45 ? 2 DPN A C 1 HETATM 4 O O . DPN A 1 1 ? 1.897 -1.198 0.224 1.00 1.23 ? 2 DPN A O 1 HETATM 5 C CB . DPN A 1 1 ? 3.794 -2.313 3.198 1.00 0.63 ? 2 DPN A CB 1 HETATM 6 C CG . DPN A 1 1 ? 5.077 -3.067 3.487 1.00 0.89 ? 2 DPN A CG 1 HETATM 7 C CD1 . DPN A 1 1 ? 6.329 -2.459 3.282 1.00 1.59 ? 2 DPN A CD1 1 HETATM 8 C CD2 . DPN A 1 1 ? 5.011 -4.403 3.921 1.00 1.67 ? 2 DPN A CD2 1 HETATM 9 C CE1 . DPN A 1 1 ? 7.510 -3.188 3.516 1.00 1.98 ? 2 DPN A CE1 1 HETATM 10 C CE2 . DPN A 1 1 ? 6.189 -5.130 4.157 1.00 2.12 ? 2 DPN A CE2 1 HETATM 11 C CZ . DPN A 1 1 ? 7.440 -4.523 3.955 1.00 1.97 ? 2 DPN A CZ 1 HETATM 12 H H . DPN A 1 1 ? 4.553 -2.911 0.080 1.00 0.39 ? 2 DPN A H 1 HETATM 13 H HA . DPN A 1 1 ? 4.205 -1.152 1.469 1.00 0.54 ? 2 DPN A HA 1 HETATM 14 H HB2 . DPN A 1 1 ? 3.802 -1.377 3.757 1.00 1.05 ? 2 DPN A HB2 1 HETATM 15 H HB3 . DPN A 1 1 ? 2.963 -2.912 3.565 1.00 0.99 ? 2 DPN A HB3 1 HETATM 16 H HD1 . DPN A 1 1 ? 6.383 -1.438 2.934 1.00 2.25 ? 2 DPN A HD1 1 HETATM 17 H HD2 . DPN A 1 1 ? 4.047 -4.877 4.052 1.00 2.32 ? 2 DPN A HD2 1 HETATM 18 H HE1 . DPN A 1 1 ? 8.473 -2.727 3.355 1.00 2.72 ? 2 DPN A HE1 1 HETATM 19 H HE2 . DPN A 1 1 ? 6.130 -6.159 4.483 1.00 2.92 ? 2 DPN A HE2 1 HETATM 20 H HZ . DPN A 1 1 ? 8.345 -5.086 4.131 1.00 2.43 ? 2 DPN A HZ 1 HETATM 21 N N . CYS A 1 2 ? 1.275 -1.339 2.357 1.00 0.33 ? 3 CYS A N 1 HETATM 22 C CA . CYS A 1 2 ? -0.090 -0.917 2.102 1.00 0.25 ? 3 CYS A CA 1 HETATM 23 C C . CYS A 1 2 ? -0.278 0.548 2.499 1.00 0.34 ? 3 CYS A C 1 HETATM 24 O O . CYS A 1 2 ? -1.310 0.941 3.046 1.00 0.74 ? 3 CYS A O 1 HETATM 25 C CB . CYS A 1 2 ? -1.031 -1.867 2.833 1.00 0.40 ? 3 CYS A CB 1 HETATM 26 S SG . CYS A 1 2 ? -1.408 -3.423 1.971 1.00 1.35 ? 3 CYS A SG 1 HETATM 27 H H . CYS A 1 2 ? 1.529 -1.562 3.306 1.00 0.96 ? 3 CYS A H 1 HETATM 28 H HA . CYS A 1 2 ? -0.301 -1.001 1.049 1.00 0.43 ? 3 CYS A HA 1 HETATM 29 H HB2 . CYS A 1 2 ? -0.593 -2.100 3.803 1.00 1.25 ? 3 CYS A HB2 1 HETATM 30 H HB3 . CYS A 1 2 ? -1.969 -1.352 3.004 1.00 0.68 ? 3 CYS A HB3 1 HETATM 31 N N . TYR A 1 3 ? 0.716 1.386 2.204 1.00 0.19 ? 4 TYR A N 1 HETATM 32 C CA . TYR A 1 3 ? 0.791 2.720 2.752 1.00 0.25 ? 4 TYR A CA 1 HETATM 33 C C . TYR A 1 3 ? 0.055 3.652 1.802 1.00 0.26 ? 4 TYR A C 1 HETATM 34 O O . TYR A 1 3 ? 0.625 4.254 0.899 1.00 0.58 ? 4 TYR A O 1 HETATM 35 C CB . TYR A 1 3 ? 2.253 3.102 3.003 1.00 0.34 ? 4 TYR A CB 1 HETATM 36 C CG . TYR A 1 3 ? 2.439 4.375 3.805 1.00 0.43 ? 4 TYR A CG 1 HETATM 37 C CD1 . TYR A 1 3 ? 1.648 4.628 4.944 1.00 1.50 ? 4 TYR A CD1 1 HETATM 38 C CD2 . TYR A 1 3 ? 3.433 5.296 3.430 1.00 1.87 ? 4 TYR A CD2 1 HETATM 39 C CE1 . TYR A 1 3 ? 1.820 5.810 5.681 1.00 1.45 ? 4 TYR A CE1 1 HETATM 40 C CE2 . TYR A 1 3 ? 3.624 6.472 4.174 1.00 2.02 ? 4 TYR A CE2 1 HETATM 41 C CZ . TYR A 1 3 ? 2.812 6.741 5.298 1.00 0.75 ? 4 TYR A CZ 1 HETATM 42 O OH . TYR A 1 3 ? 2.998 7.892 6.004 1.00 0.95 ? 4 TYR A OH 1 HETATM 43 H H . TYR A 1 3 ? 1.402 1.139 1.509 1.00 0.27 ? 4 TYR A H 1 HETATM 44 H HA . TYR A 1 3 ? 0.269 2.712 3.706 1.00 0.27 ? 4 TYR A HA 1 HETATM 45 H HB2 . TYR A 1 3 ? 2.729 2.293 3.559 1.00 0.41 ? 4 TYR A HB2 1 HETATM 46 H HB3 . TYR A 1 3 ? 2.766 3.191 2.045 1.00 0.37 ? 4 TYR A HB3 1 HETATM 47 H HD1 . TYR A 1 3 ? 0.907 3.921 5.281 1.00 2.76 ? 4 TYR A HD1 1 HETATM 48 H HD2 . TYR A 1 3 ? 4.059 5.101 2.571 1.00 3.06 ? 4 TYR A HD2 1 HETATM 49 H HE1 . TYR A 1 3 ? 1.192 5.983 6.540 1.00 2.62 ? 4 TYR A HE1 1 HETATM 50 H HE2 . TYR A 1 3 ? 4.391 7.171 3.884 1.00 3.28 ? 4 TYR A HE2 1 HETATM 51 H HH . TYR A 1 3 ? 2.383 8.004 6.731 1.00 1.05 ? 4 TYR A HH 1 HETATM 52 N N . TRP A 1 4 ? -1.259 3.675 1.986 1.00 0.17 ? 5 TRP A N 1 HETATM 53 C CA . TRP A 1 4 ? -2.218 4.425 1.194 1.00 0.12 ? 5 TRP A CA 1 HETATM 54 C CB . TRP A 1 4 ? -3.086 5.286 2.121 1.00 0.20 ? 5 TRP A CB 1 HETATM 55 C CG . TRP A 1 4 ? -3.730 4.603 3.298 1.00 0.25 ? 5 TRP A CG 1 HETATM 56 C CD1 . TRP A 1 4 ? -3.075 4.058 4.350 1.00 0.32 ? 5 TRP A CD1 1 HETATM 57 N NE1 . TRP A 1 4 ? -3.977 3.575 5.272 1.00 0.38 ? 5 TRP A NE1 1 HETATM 58 C CE2 . TRP A 1 4 ? -5.274 3.829 4.887 1.00 0.35 ? 5 TRP A CE2 1 HETATM 59 C CZ2 . TRP A 1 4 ? -6.517 3.594 5.496 1.00 0.40 ? 5 TRP A CZ2 1 HETATM 60 C CH2 . TRP A 1 4 ? -7.689 3.991 4.832 1.00 0.39 ? 5 TRP A CH2 1 HETATM 61 C CZ3 . TRP A 1 4 ? -7.600 4.592 3.563 1.00 0.35 ? 5 TRP A CZ3 1 HETATM 62 C CE3 . TRP A 1 4 ? -6.348 4.832 2.969 1.00 0.29 ? 5 TRP A CE3 1 HETATM 63 C CD2 . TRP A 1 4 ? -5.149 4.463 3.615 1.00 0.28 ? 5 TRP A CD2 1 HETATM 64 C C . TRP A 1 4 ? -3.046 3.474 0.334 1.00 0.13 ? 5 TRP A C 1 HETATM 65 O O . TRP A 1 4 ? -3.456 3.836 -0.763 1.00 0.24 ? 5 TRP A O 1 HETATM 66 H H . TRP A 1 4 ? -1.608 3.088 2.729 1.00 0.34 ? 5 TRP A H 1 HETATM 67 H HA . TRP A 1 4 ? -1.678 5.085 0.512 1.00 0.14 ? 5 TRP A HA 1 HETATM 68 H HB2 . TRP A 1 4 ? -2.459 6.090 2.511 1.00 0.24 ? 5 TRP A HB2 1 HETATM 69 H HB3 . TRP A 1 4 ? -3.865 5.756 1.520 1.00 0.21 ? 5 TRP A HB3 1 HETATM 70 H HD1 . TRP A 1 4 ? -2.003 4.026 4.469 1.00 0.34 ? 5 TRP A HD1 1 HETATM 71 H HE1 . TRP A 1 4 ? -3.696 3.150 6.146 1.00 0.45 ? 5 TRP A HE1 1 HETATM 72 H HZ2 . TRP A 1 4 ? -6.569 3.138 6.474 1.00 0.47 ? 5 TRP A HZ2 1 HETATM 73 H HH2 . TRP A 1 4 ? -8.654 3.840 5.296 1.00 0.44 ? 5 TRP A HH2 1 HETATM 74 H HZ3 . TRP A 1 4 ? -8.496 4.884 3.037 1.00 0.40 ? 5 TRP A HZ3 1 HETATM 75 H HE3 . TRP A 1 4 ? -6.299 5.322 2.007 1.00 0.29 ? 5 TRP A HE3 1 HETATM 76 N N . LYS A 1 5 ? -3.239 2.232 0.794 1.00 0.19 ? 6 LYS A N 1 HETATM 77 C CA . LYS A 1 5 ? -3.817 1.132 0.023 1.00 0.26 ? 6 LYS A CA 1 HETATM 78 C C . LYS A 1 5 ? -3.022 0.826 -1.249 1.00 0.22 ? 6 LYS A C 1 HETATM 79 O O . LYS A 1 5 ? -3.515 0.141 -2.135 1.00 0.28 ? 6 LYS A O 1 HETATM 80 C CB . LYS A 1 5 ? -5.303 1.366 -0.289 1.00 0.36 ? 6 LYS A CB 1 HETATM 81 C CG . LYS A 1 5 ? -6.120 1.774 0.939 1.00 0.37 ? 6 LYS A CG 1 HETATM 82 C CD . LYS A 1 5 ? -5.801 0.909 2.164 1.00 0.48 ? 6 LYS A CD 1 HETATM 83 C CE . LYS A 1 5 ? -6.763 1.258 3.299 1.00 0.62 ? 6 LYS A CE 1 HETATM 84 N NZ . LYS A 1 5 ? -8.020 0.484 3.237 1.00 0.88 ? 6 LYS A NZ 1 HETATM 85 H H . LYS A 1 5 ? -2.844 1.976 1.688 1.00 0.25 ? 6 LYS A H 1 HETATM 86 H HA . LYS A 1 5 ? -3.756 0.251 0.656 1.00 0.33 ? 6 LYS A HA 1 HETATM 87 H HB2 . LYS A 1 5 ? -5.405 2.138 -1.054 1.00 0.36 ? 6 LYS A HB2 1 HETATM 88 H HB3 . LYS A 1 5 ? -5.721 0.443 -0.693 1.00 0.47 ? 6 LYS A HB3 1 HETATM 89 H HG2 . LYS A 1 5 ? -5.907 2.816 1.175 1.00 0.31 ? 6 LYS A HG2 1 HETATM 90 H HG3 . LYS A 1 5 ? -7.180 1.692 0.695 1.00 0.45 ? 6 LYS A HG3 1 HETATM 91 H HD2 . LYS A 1 5 ? -5.867 -0.150 1.911 1.00 0.58 ? 6 LYS A HD2 1 HETATM 92 H HD3 . LYS A 1 5 ? -4.787 1.123 2.503 1.00 0.47 ? 6 LYS A HD3 1 HETATM 93 H HE2 . LYS A 1 5 ? -6.268 1.075 4.255 1.00 1.39 ? 6 LYS A HE2 1 HETATM 94 H HE3 . LYS A 1 5 ? -6.986 2.323 3.232 1.00 1.31 ? 6 LYS A HE3 1 HETATM 95 H HZ1 . LYS A 1 5 ? -8.652 0.806 3.958 1.00 1.78 ? 6 LYS A HZ1 1 HETATM 96 H HZ2 . LYS A 1 5 ? -8.461 0.606 2.336 1.00 1.64 ? 6 LYS A HZ2 1 HETATM 97 H HZ3 . LYS A 1 5 ? -7.828 -0.497 3.385 1.00 1.65 ? 6 LYS A HZ3 1 HETATM 98 N N . THR A 1 6 ? -1.771 1.282 -1.314 1.00 0.13 ? 7 THR A N 1 HETATM 99 C CA . THR A 1 6 ? -0.873 1.029 -2.431 1.00 0.14 ? 7 THR A CA 1 HETATM 100 C C . THR A 1 6 ? -0.547 -0.457 -2.573 1.00 0.23 ? 7 THR A C 1 HETATM 101 O O . THR A 1 6 ? -0.315 -0.908 -3.688 1.00 0.47 ? 7 THR A O 1 HETATM 102 C CB . THR A 1 6 ? 0.352 1.929 -2.247 1.00 0.23 ? 7 THR A CB 1 HETATM 103 O OG1 . THR A 1 6 ? 1.175 1.984 -3.390 1.00 0.35 ? 7 THR A OG1 1 HETATM 104 C CG2 . THR A 1 6 ? 1.161 1.415 -1.076 1.00 0.22 ? 7 THR A CG2 1 HETATM 105 H H . THR A 1 6 ? -1.406 1.849 -0.564 1.00 0.13 ? 7 THR A H 1 HETATM 106 H HA . THR A 1 6 ? -1.360 1.309 -3.348 1.00 0.16 ? 7 THR A HA 1 HETATM 107 H HB . THR A 1 6 ? 0.014 2.932 -1.994 1.00 0.26 ? 7 THR A HB 1 HETATM 108 H HG1 . THR A 1 6 ? 0.631 1.960 -4.182 1.00 1.14 ? 7 THR A HG1 1 HETATM 109 H HG21 . THR A 1 6 ? 1.839 2.189 -0.723 1.00 1.38 ? 7 THR A HG21 1 HETATM 110 H HG22 . THR A 1 6 ? 0.488 1.100 -0.286 1.00 1.31 ? 7 THR A HG22 1 HETATM 111 H HG23 . THR A 1 6 ? 1.718 0.554 -1.421 1.00 1.21 ? 7 THR A HG23 1 HETATM 112 N N . CYS A 1 7 ? -0.551 -1.174 -1.442 1.00 0.15 ? 8 CYS A N 1 HETATM 113 C CA . CYS A 1 7 ? -0.290 -2.596 -1.257 1.00 0.15 ? 8 CYS A CA 1 HETATM 114 C C . CYS A 1 7 ? 0.571 -3.162 -2.379 1.00 0.12 ? 8 CYS A C 1 HETATM 115 O O . CYS A 1 7 ? 0.058 -3.843 -3.264 1.00 0.19 ? 8 CYS A O 1 HETATM 116 C CB . CYS A 1 7 ? -1.620 -3.314 -1.121 1.00 0.21 ? 8 CYS A CB 1 HETATM 117 S SG . CYS A 1 7 ? -2.579 -2.898 0.370 1.00 0.41 ? 8 CYS A SG 1 HETATM 118 H H . CYS A 1 7 ? -0.789 -0.666 -0.615 1.00 0.31 ? 8 CYS A H 1 HETATM 119 H HA . CYS A 1 7 ? 0.250 -2.755 -0.326 1.00 0.18 ? 8 CYS A HA 1 HETATM 120 H HB2 . CYS A 1 7 ? -2.207 -3.069 -2.006 1.00 0.24 ? 8 CYS A HB2 1 HETATM 121 H HB3 . CYS A 1 7 ? -1.420 -4.384 -1.127 1.00 0.36 ? 8 CYS A HB3 1 HETATM 122 N N . THR A 1 8 ? 1.852 -2.791 -2.331 1.00 0.16 ? 9 THR A N 1 HETATM 123 C CA . THR A 1 8 ? 2.795 -2.959 -3.428 1.00 0.17 ? 9 THR A CA 1 HETATM 124 C C . THR A 1 8 ? 3.290 -4.403 -3.583 1.00 0.49 ? 9 THR A C 1 HETATM 125 O O . THR A 1 8 ? 4.495 -4.555 -3.887 1.00 1.21 ? 9 THR A O 1 HETATM 126 C CB . THR A 1 8 ? 3.973 -1.988 -3.242 1.00 0.64 ? 9 THR A CB 1 HETATM 127 O OG1 . THR A 1 8 ? 4.866 -2.437 -2.248 1.00 1.47 ? 9 THR A OG1 1 HETATM 128 C CG2 . THR A 1 8 ? 3.575 -0.582 -2.829 1.00 0.30 ? 9 THR A CG2 1 HETATM 129 O OXT . THR A 1 8 ? 2.503 -5.338 -3.338 1.00 1.43 ? 9 THR A OXT 1 HETATM 130 H H . THR A 1 8 ? 2.104 -2.161 -1.580 1.00 0.15 ? 9 THR A H 1 HETATM 131 H HA . THR A 1 8 ? 2.275 -2.697 -4.349 1.00 0.41 ? 9 THR A HA 1 HETATM 132 H HB . THR A 1 8 ? 4.488 -1.909 -4.190 1.00 1.13 ? 9 THR A HB 1 HETATM 133 H HG1 . THR A 1 8 ? 5.215 -3.275 -2.593 1.00 1.55 ? 9 THR A HG1 1 HETATM 134 H HG21 . THR A 1 8 ? 2.680 -0.274 -3.368 1.00 1.26 ? 9 THR A HG21 1 HETATM 135 H HG22 . THR A 1 8 ? 3.424 -0.576 -1.753 1.00 1.19 ? 9 THR A HG22 1 HETATM 136 H HG23 . THR A 1 8 ? 4.392 0.103 -3.057 1.00 1.19 ? 9 THR A HG23 1 HETATM 137 C CA . 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spin
Assembly
Assembly ID: 1yl9_1
Assembly defined by
: Author
PDB ID
:
1yl9
Experimental method
: SOLUTION NMR
Resolution
: N/A
UniProt ID
: N/A
PubMed ID
:
16787334
Ligand 1
:
III
Ligand 2
:
CH4
Download
mmCIF Format
PDB Format
Ligand ID
NUC pairing detail
Ligand Name
Synonyms
Formula
2D structure
III
N/A
Peptide
N/A
"C14 H18 N4"
N/A
CH4
N/A
3-(2-aminoethylamino)-2-[(2-aminoethylamino)methyl]propanal
1: 3-[(2-aminoethyl)amino]-2-{[(2-aminoethyl)amino]methyl}propanal;
"C8 H20 N4 O"
Reference
Wei et al,
Q-BioLiP: A Comprehensive Resource for Quaternary Structure-based Protein–ligand Interactions
,
Genomics, Proteomics & Bioinformatics
, 22(1), qzae001, 2024. (
PDF
)